常规蛋白组学
常规蛋白组学

       蛋白质组学具体的研究内容包括:蛋白质定性和定量分析,蛋白质翻译后修饰研究,蛋白质结构研究,蛋白质功能研究,小分子-蛋白质和蛋白-蛋白相互作用研究等。其中定量分析又分为非标记定量(label free)和标记定量(SILAC, iTraq, TMT等)。

•对样品中蛋白质的成分信息进行鉴定

•从简单样品(单一蛋白)到复杂样品(全蛋白组)都可以分析

实验流程

1、样本制备:将蛋白或细胞等样品经标准蛋白组学流程处理成多肽样品。
2、LC-MS / MS分析:通过纳升液相色谱分离多肽,然后通过lumos质谱检测相应色谱保留时间的多肽的一级(MS1)和二级(MS2)片段分子量。
3、数据分析:使用搜索引擎(例如Proteome Discoverer,MaxQuant)对原始数据文件进行数据库搜索,获得蛋白的定性或定量分析结果,并进一步将导出的搜索结果用软件进行数据处理和制图。
4.报告文件:质谱RAW文件、搜库导出Excel文件和结果分析图表。

送样须知


1、样品信息:蛋白所属物种有蛋白质参考数据库或基因组注释信息
2、样品成分:蛋白在凝胶或溶液中皆可,在凝胶中时染色液(如考染或银染)需质谱兼容,在溶液中时溶液成分不含去垢剂(如SDS、NP40、Triton等)
3、蛋白含量:单一蛋白需≥5ug,富集蛋白需≥20ug(视具体情况可调整),全蛋白组需≥100ug,细胞≥5×106,组织需≥50mg
4、测试周期:2-3周

•对不同组别样品中同个蛋白质进行相对含量的比较,以得出蛋白表达水平的差异,从而进行标志物、作用蛋白的发现等。基于自下而上(bottom-up)的LC-MS/MS分析可以对整个仪器可检测蛋白组进行同时定量。

•包括标记(SILAC, TMT, itraq)和非标记(LFQ, label free)策略。

实验流程

•在定性分析的基础上引入定量化的样品制备和数据分析流程。

送样须知


1、样品信息:蛋白所属物种有蛋白质参考数据库或基因组注释信息。
2、样品含量:蛋白样品≥100ug;细胞样品≥5×106;组织样品≥100mg。
3、测试周期:视具体项目而定。

 

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