多肽组学
多肽组学

       多肽组是指生物体组织或者体液中的全部内源性多肽,包括信号分子(如细胞因子、生长因子和激素)、抗菌肽和免疫肽等。这些小分子肽被越来越多的研究证实具有重要的生物学意义。

       多肽组学就是研究多肽组的结构、功能、变化规律及其相关关系的学科。多肽组学是对蛋白质组学的补充,通过多肽组学可以寻找具有生物学意义的多肽标志物,筛选具有生物学活性的潜在治疗药物等。

实验流程

1、样本制备:将细胞或组织裂解后,通过超滤或高丰度蛋白去除试剂盒等方式去除蛋白等大分子干扰物,最后经除盐来去除小分子干扰物以纯化多肽。
2、LC-MS / MS分析:通过纳升液相色谱分离多肽,然后通过lumos质谱检测相应色谱保留时间的多肽的一级(MS1)和二级(MS2)片段分子量。
3、数据分析:使用搜索引擎(例如Proteome Discoverer,MaxQuant)对原始数据文件进行数据库搜索,获得多肽的定性或定量分析结果,并进一步将导出的搜索结果用软件(如Microsoft Office,Graphpad Prism等)处理以进行数据处理和制图。
4、报告文件:质谱RAW文件、搜库导出Excel文件和结果分析图表。

 


送样须知

1、样品信息:蛋白所属物种有蛋白质参考数据库或基因组注释信息。
2、样品量:体液(血液、尿液等)需≥500uL,细胞≥5×106,组织需≥100mg。
3、测试周期:2-3周。

       新生抗原是新形成的抗原,未被免疫系统识别过。 新生抗原可能来自因肿瘤突变而形成的肿瘤蛋白或病毒蛋白。 肿瘤抗原可以被免疫系统识别为非自身抗原,并引发免疫反应。 TMB和/或MSI-H / dMMR高的肿瘤可能导致新抗原增加。 礼达开发了基于高分辨质谱的分析方法,可检测各种类型癌症样品中的新抗原,具有高可靠性,可重复性和稳定性。

实验流程

 

1、样本制备:将细胞或组织裂解后,加入特异性抗体来结合MHC蛋白复合物,然后经protein A/G 珠子沉淀富集MHC蛋白,最后经洗涤、洗脱和除盐来纯化MHC多肽。
2、LC-MS / MS分析:通过纳升液相色谱分离MHC肽,然后通过lumos质谱检测相应色谱保留时间的多肽的一级(MS1)和二级(MS2)片段分子量。
3、数据分析:使用搜索引擎(例如Proteome Discoverer,MaxQuant)处理原始数据文件,并在UniProt Reference Proteome的正反数据库中进行搜索,获得多肽的定性或定量分析结果,并进一步将导出的搜索结果用软件(如Microsoft Office,Graphpad Prism等)处理以进行数据处理和制图。
4、报告文件:质谱RAW文件、搜库导出Excel文件和结果分析图表。

送样须知


1、样品信息:蛋白所属物种有蛋白质参考数据库或基因组注释信息。
2、样品量:细胞≥1×108,组织需≥300mg。
3、样品接收:细胞或组织样品,干冰运输。
4、测试周期:2-3周。

质量控制

      

MHC复合物富集效率
通过优化抗体和珠子的用量和比例,我们可以从细胞裂解液中几乎完全富集和回收MHC蛋白。

数据重现性

三个生物重复在质谱离子流图、肽的序列信息和肽强度三个方面都具有良好的重复性。 总体而言,在我们的实验平台上可以获得HLA肽组学的良好重现性。

数据报告

 

质谱原始数据 肽长度分布 肽基序分析
所有多肽通过性能优良的Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™质谱仪进行分析,获得原始数据。 与MHC I类分子结合的肽的长度主要为8-11个氨基酸,其中9个肽占比最高。 使用GibbsCluster工具对多肽序列规律进行分析。 所得到的序列基序与文献一致。

     

 

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